În lumina noilor cercetări concentrate asupra unirii religioase a românilor ardeleni cu Biserica Romei, a interpretării acesteia în baza viziunii conciliului de la Ferrara/Florenţa (1438-1439) şi a reevaluării consecinţelor unirii, eveniment decisiv din viaţa Bisericii românilor ardeleni, studiul încearcă să răspundă fundamentalei întrebări de ce şi cum s-a ajuns în Biserica românească din Transilvania primei jumătăţi a secolului al XVIII-lea la două partide care apoi s-au dezvoltat, în a doua jumătate a secolului, în două Biserici? Răspunsul la această întrebare este căutat în istoria raportului dintre greci şi latini şi a felului în care această situaţie s-a repercutat în Transilvania în perioada anterioară unirii (mai ales în secolul al XVII-lea). Analiza situaţiei confesionale se face din perspectiva mandatului cu care au venit iezuiţii într-o Transilvanie dominată de interesele Stărilor transilvănene faţă de români şi care s-a reflectat în rezoluţia imperială din aprilie 1698. Această realitate s-a repercutat asupra vieţii Bisericii românilor ardeleni din prima jumătate a secolului al XVIII-lea, a evoluţiei raporturilor dintre Viena (Maria Tereza) şi episcopul românilor ardeleni, Inochentie Micu-Klein. Cei care s-au unit cu Biserica catolică de la Roma şi au rămas fideli episcopului de la Blaj au început să se numească uniţi, iar cei care au devenit sceptici şi s-au îndepărtat de episcopul de la Blaj, mai ales după părăsirea Transilvaniei de către Inochentie MicuKlein (1744), s-au numit neuniţi. Treptat, ultimii s-au considerat singurii păstrători ai tradiţiei Bisericii româneşti şi ai legii strămoşeşti. Astfel, la jumătatea secolului, s-a ajuns la o confruntare dogmatică dură între neuniţi, prin vocea călugărului Visarion Sarai, şi uniţi, prin discursul călugărului Gherontie Cotore, care a exclus posibilitatea rămânerii împreună într-o singură Biserică. Conflictul dintre cele două partide din Biserica românească şi oponenţii unirii a dus la dezvoltarea a două Biserici distincte româneşti. Ambele Biserici au fost recunoscute de Viena, pe de o parte, prin numirea unui episcop pentru românii neuniţi (1761), iar, pe de altă parte, Biserica uniţilor a continuat să fie condusă de vicarul lui Inochentie Micu şi de urmaşii acestuia la Blaj.